Uma das coisas que costumo fazer é deixar meu debian derivado (trisquel) bem mais limpinho do que já é. Atualizo constantemente, removo pacotes não usados e purgados, arquivos de configuração alterados por algum motivo e uso o BleachBit. Vamos lá:
Atualização
sudo su
apt update
apt upgrade
apt full-upgrade
Usando o Autoremove
apt autoremove
Verificar a Integridade dos pacotes
apt install debsums
debsums -a 1>log 2>erro
grep -v OK log
# Se aparecer algo como FAILED em frente ao caminho de cada arquivo, seguimos os passos a seguir como exemplo.
dpkg -S /etc/apt/apt.conf.d/10periodic # Descobre o nome do pacote
mv /etc/apt/apt.conf.d/10periodic /etc/apt/apt.conf.d/10periodic.orig # Copia de segurança do arquivo
apt install update-notifier-common --reinstall
debsums -a update-notifier-common | grep -v OK # Verifica erro no arquivo. Pule os passos á seguir caso dê OK.
apt install --reinstall -o DPKG::Options::=--force-confmiss update-notifier-common
debsums -a update-notifier-common
Pacotes órfãos
deborphan
deborphan --guess-all
deborphan -a
Pacotes de fora do Debian ou trisquel ou…
aptitude search '~S~i!~Odebian'
apt list '~i!~Odebian'
aptitude search '~S~i!~Otrisquel'
apt list '~i!~Otrisquel'
Verificar pacotes não livres
vrms # Não funciona no trisquel
apt list '~i~snon-free'
apt list --installed non-free
Kernel antigos
dpkg -l | grep linux-image
dpkg -l | grep linux-headers
apt purge linux-image-5.9.0-3-amd64
ls /lib/modules # lista módulos
Xserver-xorg outras placas
dpkg -l | grep xserver-xorg-video
apt purge xserver-xorg-video-nouveau
Limpar pacotes removidos
dpkg -l | grep ^rc # Só lista não remove
apt purge $(dpkg -l | awk '/^rc/ {print $2} ' ) # Cuidado! Veja a lista para não excluir o que é importante
dpkg -l | grep ^rc | cut -d " " -f3 # Só lista não remove
apt purge `dpkg -l | grep ^rc | cut -d " " -f3 | tr '\n' ' ' ` # Cuidado!
sudo apt purge `deborphan | tr '\n' ' ' ` # Cuidado! Purga pacotes orfãos de uma vez
ls -l /var/cache/apt/archives/
apt clean
rm /var/cache/apt/archives/*deb
apt install pacote -d
Logs antigos
du /* -hs
cd /var/log/
find | grep gz$|xargs rm -rf
find | grep 1$|xargs rm -rf
find | grep old$|xargs rm -rf
Backups antigos
cd /var/backups
arquivos gz
Cache do usuário
~/.cache
Arquivos de configuração
~/. ~/.config
Instale o BleachBit
apt install bleachbit
Fonte: https://github.com/kretcheu/dicas/blob/master/faxina.no.debian.md